|
|
Phylogenomics, genome size evolution and repeat dynamics in the genus Amomum Roxb. (Zingiberaceae)
Hlavatá, Kristýna ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Haevermans, Thomas (oponent) ; Zedek, František (oponent)
Amomum Roxb. s.l. (černý kardamom) je složitý rod v čeledi zázvorovitých (Zingiberaceae) v podčeledi Alpinioideae, který podle některých vymezení zahrnuje i skupiny druhů považované za samostatné rody, jako je např. rod Elettariopsis Baker. Dosavadní fylogenetické výzkumy nedokázaly objasnit ani pozici rodu Amomum v podčeledi Alpinioideae, ani vztah mezi rodem Amomum a ostatními rody, jako je Elettariopsis. V této práci bylo Amomum podrobeno detailní morfologické analýze s použitím co největšího počtu vzorků, spolu s fylogenetickou analýzou. Amomum bylo nově vymezeno, bylo ustanoveno Amomum s.s. a tři nové rody, tři rody byly obnoveny a Elettariopsis byl včleněn do rodu Amomum. Mezitím bylo popsáno několik nových druhů a dva byly epitypifikovány. S použitím sekvenování nové generace (next-generation sequencing; Hyb-Seq) byla získána dobře podpořená fylogeneze založená na jaderných genech, která prokázala v rodu existenci čtyř cladů (A, B, C, D); clade D, původní rod Elettariopsis, se dále dělí na tři subclady (D1 - D3). Fylogeneze založená na chloroplastové DNA tuto strukturu podpořila, ale doplňující fylogeneze založené na ribosomálním cistronu (rDNA) se od té založené na nukleárních genech odlišovaly; to poukazuje na potenciální nevhodnost často používaného markeru ITS při rekonstrukci hlubších...
|
|
|
Evolution of members of the genus Cardamine from the Anatolia-Caucasus region and the Balkan Peninsula
Kantor, Adam ; Slovák, Marek (vedoucí práce) ; Frajman, Božo (oponent) ; Tribsch, Andreas (oponent) ; Oberprieler, Christoph (oponent)
Táto práca si kladie za cieľ objasniť evolúciu zástupcov vybraných druhových skupín rodu Cardamine, ktorý predstavuje druhovo bohatý rod s celosvetovým rozšírením a veľmi zložitou evolučnou históriou. Skúmané druhy predstavujú vlhkomilné trváce byliny, pričom práca bola zameraná na štúdium ich diverzity na území Balkánskeho polostrova a juhozápadnej Ázie, s dôrazom kladeným najmä na region Anatólie a Kaukazu. Tieto oblasti obsahujú celosvetové centrá biodiverzity (global biodiversity hotspots) a dôležité glaciálne refúgiá, no napriek tomu je len veľmi málo známe o evolučných mechanizmoch a environmentálnych faktoroch, ktoré v týchto oblastiach zohrávali rolu pri diverzifikácii a speciácii rastlín. V tejto práci boli adresované otázky týkajúce sa fylogenézy a taxonómie študovaných skupín, s cieľom stanoviť význam polyploidizácie a hybridizácie v ich evolúcii. Hlavnou aplikovanou metódou bola technika Hyb- Seq, založená na princípe sekvenovania novej generácie (next-generation sequencing), ktorá sa ukázala byť veľmi účinnou a všestrannou metódou pri riešení evolučných otázok. V práci bol použitý integratívny prístup, kombinujúci Hyb-Seq s rôznymi inými karyologickými, molekulárnymi, cytogenetickými technikami a metódou modelovania ekologických ník, čo umožnilo veľmi komplexný pohľad na riešené témy....
|
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
|
|
Využití metody Hyb-Seq pro rekonstrukci retikulátní vnitrorodové fylogeneze: příklad z polyploidního rodu Curcuma L. (Zingiberaceae)
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá výzkumem fylogeneze hybridn polyploidního rodu Curcuma z eledi Zingiberaceae s využitím next-generation sekvenování, které umož uje získat stovky až tisíce jaderných lokus pro tvorbu fylogenetických strom , což se jeví jako vhodn jší p ístup oproti dosud hojn využívané cpDNA a ITS lokusu, zvlášt u hybridních a polyploidních skupin. K získání dat pro fylogenetické analýzy byla využita metoda Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq), která kombinuje cílené obohacení (target enrichment) a m lké sekvenování (genome skimming). K analýze dat byla využita p edevším pipeline HybPhyloMaker specificky vyvinutá pro práci s Hyb-Seq daty. Bylo osekvenováno celkem 27 druh rodu Curcuma a t i druhy tvo ící outgroup. Fylogenetické stromy získané ze všech 1 154 a 811 vybraných jaderných low-copy gen vykazují vysoké podpory jednotlivých uzl , oproti tomu fylogeneze získané z celého chloroplastového genomu a rDNA cistronu jsou v n kterých v tvích podpo ené mén a vykazují inkongruence v topologii oproti strom m z jaderných low-copy gen . Fylogenetické sít vytvo ené z jaderných gen , lineage movement analýza a testy monofylie jsou ve shod s d íve publikovanou teorií o hybridním meziliniovém p vodu 3 druh - C. vamana, C. myanmarensis a C. roscoeana. Tyto metody také ukázaly pravd podobn...
|
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
host ::
RSS.